深海的主人公是一个叫做参宿的小女孩,她的家庭生活并不幸福,父母离婚,父亲再娶,父亲与后妈将更多的关注放在弟弟身上,她缺失家庭的关爱,思念自己的母亲,逐渐变得内向、孤独、自卑,最终在一次家庭旅行中跳入深海,陷入昏迷。在海底的世界里,她遇到了船长南河和他的深海大饭店,那里有许多被赋予人类特性的海洋生物,给予她关心与温暖。陪伴她踏上“寻母之路”的南河船长表面上似乎是个唯利是图的财迷,但与他深入接触后才发现,他的内心也同样孤独而疲惫,始终思念着无法返回的故乡。回归现实,南河实际就是参宿坠入深海中时拯救她的小丑,他牺牲了自己,换回了她的生命。有人说深海的画风暗黑诡异,但那却是抑郁症患者眼中真实的世界。有人说这个世界上有无数的参宿,却没有那么多的南河,但或许他们本就是双向的救赎,参宿的出现,也渐渐使南河敞开心扉,找回真实的自己。再或许他们本就是一类人,参宿尽管在家庭中不受重视,却不敢透露不满的情绪,常常假装快乐,而现实中的南河也给自己带上了微小着的小丑面具,他们被现实伤透了心,却依旧面对现实强颜欢笑。他们在拯救对方,同样也在拯救自己。在故事的最后,南河离开了,他送给参宿一句祝福“希望以后你每一次的笑都是真心的”。后来的参宿学会了爱,她的脸上有了真实的微笑,在往后的人生里,当面对黑暗时,尽管没有了南河的陪伴,她也会勇敢走下去,正如片尾曲所唱的“世间有太多无常变化,一个人也会长大”。