此外，黄河流域部分地区还面临着其他突出的典型生态问题，例如草原鼠害猖獗和高原生态系统日益脆弱等。由于草场退化和沙化，鼠类天敌赖以生存的条件逐渐消失，致使鼠苦猖獗，造成经济损失严重。据调查海省鼠害发生面积已占可利用草地面29%；果洛州平均每公顷有高原鼠兔120只、鼠兔洞口1625个，每年消耗牧草47亿斤。鼠类在草地上的啃食掘洞造成大面积的裸地，形成寸草不生的黑土滩。而高原生态系统日益脆弱是由于高原高寒生态系统类型力脆弱，生态系统结构简单、生产力水平低、稳定性差和自我修复能力弱，容易因外界因子的干扰和破坏而发生变化，恢复难度极大且恢复过程缓慢。近年来随草地退化，优质牧草的比重下降，可食牧草产量大量减少。随着草地植被密度和高度下降，诱使鼠兔迁入，加上日害药物的长期使用和人类捕猎鹰、蛇等鼠类天敌数量下降，生物多样性逐步丧失。
黄河源区生态环境的保护与建设，关系到全流域生态环境与社会经济问题，是一项重大的社会公益性系统工程，因而保护和建设黄河源区生态环境要久久为功。
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