1.中央战略整体落地不够
战略部署缺乏统筹协调。从基层观察看，有的地区脱贫攻坚、农业供给侧结构性改革与乡村振兴等中央重大战略的执行缺乏全局意识、总体观念与长线思维，导致工作中出现顾此失彼、头重脚轻等现象。重点任务指标化严重。从全国来看，从战略规划层面对重点任务进行分解是一种有效手段。但在基层执行过程中，各地先后出现了过度工程化、指标化等现象，存在硬性分解任务、过度依赖考核与单纯依靠督查等问题。政策碎片化问题突出。各地在脱贫攻坚过程中将项目资金整合，统筹产业、就业、教育、医疗等各类扶贫举措瞄准建档立卡贫困户，发挥了政策聚合效应。但在乡村振兴过程中，一些原有的政策部门化、部门利益化问题又重新出现，产生政策目标不清、定位不准等问题。
2.区域支撑能力不强
农村地区基层基础薄弱。基层组织建设与产业发展相互脱节，出现农村基层组织建设淡化、虚化、边缘化等问题；村“两委”班子在年龄结构、能力素质上，与稳定脱贫的要求相比，还有较大差距；贫困村党员数量少且后备干部不足，年龄老化严重，而农村发展青年党员又受到指标约束等诸多限制。县域经济活力不足。从宏观环境看，一般公共财政预算收入下降，显著增加了脱贫攻坚与乡村振兴的难度。当前，一些地区的县域经济活力不足，发展项目千篇一律，存在乡村产业单一化、高风险与低竞争力等多重问题。农村改革协同性不强。建立城乡融合的体制机制与政策体系是巩固脱贫攻坚成果，推动乡村振兴的有力保障。城乡融合，关键靠改革，尤其是深化农村综合改革。从目前来看，农村改革系统性、协同性、整体性不够强，改革措施之间缺乏协同配套。
3.工作体制机制不够顺畅
“市一级”政府缺位，衔接政策匮乏。从全国来看，中央、省、县的责任与分工明确，而“市一级”政府的定位不清晰，职能职责往往容易落空。在政策衔接方面还没有一个地方政府专门出台乡村振兴与脱贫攻坚有机衔接细则及实施方案，政策方案的缺失导致各地衔接实践的零散化和随意化，难以达到有机衔接的效果。精准扶贫时期，从各级党委到政府都出台了各种减贫政策以推进脱贫攻坚进程。但在步入相对贫困治理阶段之后，原先应急性、针对性强的短期政策究竟要取消还是纳入到乡村振兴的相关政策之中。工作体制缺乏有效衔接。有的地方脱贫攻坚与乡村振兴两套工作体制机制各搞一套，缺乏相互通报机制、沟通机制、协调机制。一些贫困县脱贫摘帽后出现松懈厌战的现象，没有及时将剩余贫困人口脱贫问题纳入工作部署。扶贫产业项目与乡村产业项目重复建设，又同时存在忽视配套设施建设等现象。农业农村部门出现弱化现象。政府部门机构改革之后，党委农办部门设在农业部门，组建新的农村农业部门，负责牵头协调统筹推进“三农”工作的任务。但一些省份在机构改革之前，由省委常委兼任省农工部门负责人，改革之后却不再兼任，导致对其他涉农部门的协调能力下降。有些县市的农办主任兼任农业农村局局长，虽然行政级别不变，但在政府部门中的排名下降，政策话语权也随之下降。组织衔接难。脱贫攻坚组织保障健全，中央统筹层面有国务院扶贫开发领导小组议事协调，专门机构则由国务院扶贫办主导负责。而乡村振兴在组织保障方面虽然也建立了乡村振兴领导小组进行协调，但负责机构大多基于产业、生态、文化、组织、人才等五大内容进行部门划分，加剧了组织协调困境。
4.产业发展升级困难
产业本身发展困难。发展产业往往投入多、周期长、见效慢，并且需要各种先进生产要素的投入。扶贫产业不可持续性强。由于产业扶贫将政治逻辑、市场逻辑和贫困户生存逻辑融为一体，在脱贫攻坚压力下，一些地方的产业扶贫行动多只重视前期投入，而缺乏后续保障，以致持续性较差。难以与产业发展对接。深度贫困地区主要分布在地理位置偏远、生态环境恶劣、公共服务供给不足和市场伦理发育不足的区域，与按照自由市场规律运行的产业发展尚不具有自洽性，因此，要想实现产业兴旺，将会十分困难。
5.内生动力难以激发
农民异质性增强，调动全部农户的积极性较难。随着“半工半耕”生计模式的日益普及，大量青壮年劳动力外流，目前农户结构已然分化为兼业农户、退出型农户和纯农业户三类。前两类农户由于收入来源于农业和务工收入两类或者单纯非农收入，且在农业收入所占比重日益缩小的事实下，农户与村庄社会关联的黏性降低，其积极性难以调动。政府主导与农民主体关系难以协调。乡村振兴需要在政府主导下发挥农民主体作用，但目前不少地方多是政府在唱“独角戏”，广大农民群众参与度不高。三是乡风文明亟待培育。部分贫困户自我脱贫意愿不强，且部分农户对乡村振兴的文件精神理解不深，仍然存在着较为严重的“等、靠、要”思想。
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